开始使用流式细胞仪，第一步是准备要分析的样品。从细胞培养物，血液或分解的组织中获得的细胞应制成悬浮液。将该细胞悬浮液分成数个试管进行染色，保留未染色细胞作为对照。通过添加标记有荧光探针的抗体或染色细胞成分的染料对其他细胞样品染色。分析细胞内蛋白质时，首先必须将细胞固定（使用福尔马林缓冲液）并进行透化（使用透化剂），以使抗体和染料进入细胞。细胞与抗体或染料孵育后，将细胞在缓冲液中洗涤，然后重悬在基于盐的缓冲液中进行分析。然后将准备好的样品引入流式细胞仪。

细胞分选原理：

在压电晶体上加上频率为30kHz的信号，使之产生同频率的机械振动，流动室也随之振动，这样通过测量区的液柱断裂成一连串均匀的液滴。

在细胞形成液滴以前，各类细胞的特性已在测量区被测定并储存。如果其特性与要分选的细胞相同时，仪器就在这类细胞形成液滴时给该液滴充与指定的电荷，这样，当被选定的细胞形成液滴时就带有特定的电荷，未被选定的细胞形成的细胞液滴及不含细胞的空白液滴不被充电，也就不带电荷。

带有电荷的液滴向下落入偏转板间的静电场时，依据所带电荷符号向左或向右偏转，落入指定的收集器内，不带电荷的液滴不发生偏转，垂直落入废液槽中排出，从而实现细胞的分类。